Enligt sammanfattningen av den klimatologiska bulletinen från det portugisiska institutet för hav och atmosfär(IPMA) registrerades en värmebölja mellan den 15 och 20 juni vid 12 stationer av totalt 90.
Den andra värmeböljan registrerades från den 27 juni och varade fram till de första dagarna i juli. På onsdagen befann sig cirka 59% av stationerna i en värmebölja.
På söndagen nåddes ett nytt absolut extremvärde för juni månad på det portugisiska fastlandet i Mora, Évora, där väderstationen registrerade 46,6 grader Celsius (ºC).
IPMA anger att en värmebölja inträffar "när, under en period av minst sex dagar i följd, den maximala dagliga temperaturen är 5°C högre än det genomsnittliga dagliga värdet under referensperioden".
Byrån säger att juni är den sommarmånad då värmeböljor inträffar oftast på det portugisiska fastlandet.
I den klimatologiska bulletinen, ett preliminärt dokument med vissa indikatorer, säger IPMA att juni månad "klassificerades som mycket varm och mycket torr".
Enligt institutet var det den tredje varmaste juni sedan 1931, med en genomsnittlig lufttemperatur på över 2,14°C över det normala.
Den genomsnittliga högsta och lägsta lufttemperaturen var också högre än normalt, 2,87°C respektive 1,40°C.
Det var också den fjärde torraste juni under de senaste 94 åren, med total nederbörd under det normala, cirka 20% av medelvärdet, med mild meteorologisk torka i den nordvästra regionen av territoriet och i Algarve leeward-regionen.
Under värmevarningsperioden, som började förra lördagen, registrerades 69 överdrivna dödsfall, främst bland personer i åldern 85 år eller äldre, enligt preliminära uppgifter från State Health Department.