A capela remonta ao século XVI, embora a maior parte de sua estrutura original tenha sido reconstruída após o devastador terremoto de 1755, com outras alterações realizadas durante sua expansão no início do século XX até 1965.
No entanto, alguns elementos foram preservados, como o arco de pedra no presbitério e o altar-mor dedicado a Nossa Senhora da Encarnação, a padroeira da cidade.
Em 2009, uma renovação transformadora começou sob a orientação da artista visual Lídia Rodrigues, que foi convidada pelo então pároco padre José Nunes. Suas tarefas iniciais eram impedir a propagação do salitre na capela, atingida pelos rigores do mar, e restaurar o caráter religioso da igreja por meio da arte sacra
contemporânea.Ela então avançou com um projeto muito mais ambicioso, desenvolvido em fases ao longo de 11 anos, unindo a beleza da expressão artística com o transcendente e espiritual, culminando em 2020.
Aqueles que desejam visitar agora podem explorar um espaço meditativo enriquecido por 34 painéis pintados que abrangem toda a história da Salvação — 20 representando os Mistérios do Rosário, sete retratando a Criação e sete refletindo o Apocalipse — ao lado de uma imagem do Cristo Ressuscitado no centro do altar.
As pinturas verticais, que elevam o olhar e o pensamento do espectador, são divididas pelas fendas retangulares de vitrais personalizados projetados para complementar a narrativa bíblica.
A inauguração deste projeto foi adiada devido à pandemia de covid-19, mas desde então atraiu fiéis de todo o mundo e continua cumprindo sua missão de convidar aqueles que passam a uma jornada para encontrar Deus.