La capilla data del siglo XVI, aunque la mayor parte de su estructura original fue reconstruida tras el devastador terremoto de 1755, y se realizaron otras reformas durante su ampliación a principios del siglo XX, hasta 1965.

No obstante, se han conservado algunos elementos, como el arco de piedra del presbiterio y el altar mayor dedicado a Nuestra Señora de la Encarnación, patrona de la ciudad.

En 2009 comenzó una renovación transformadora bajo la dirección de la artista plástica Lídia Rodrigues, invitada por el entonces párroco, el padre José Nunes. Sus tareas iniciales fueron detener la propagación del salitre en la capilla, maltratada por los rigores del mar, y restaurar el carácter religioso de la iglesia a través del arte sacro contemporáneo.

Luego avanzó con un proyecto mucho más ambicioso, desarrollado en fases a lo largo de 11 años, uniendo la belleza de la expresión artística con lo trascendente y espiritual, que culminará en 2020.

Quienes deseen visitarla podrán explorar un espacio meditativo enriquecido por 34 paneles pintados que abarcan toda la historia de la Salvación -20 que representan los Misterios del Rosario, siete que retratan la Creación y siete que reflejan el Apocalipsis- junto a una imagen de Cristo Resucitado en el centro del altar.

Las pinturas verticales, que elevan la mirada y el pensamiento del espectador, están divididas por las rendijas rectangulares de vidrieras a medida diseñadas para complementar la narración bíblica.

La inauguración de este proyecto se retrasó debido a la pandemia de covid-19, pero desde entonces ha atraído a fieles de todo el mundo y sigue cumpliendo su misión de invitar a quienes pasan por allí a un viaje de encuentro con Dios.