En poliskälla berättade för nyhetsbyrån Lusa att arbetet inleddes tidigt i morse och ska pågå fram till fredag.
Sökningarna äger rum i ett stort område mellan staden Lagos och Praia da Luz, där den huvudmisstänkte bodde vid tidpunkten för försvinnandet.
Källan sade också att allt som samlas in kommer att överlämnas till den tyska polisen, som ansvarar för utredningen, för analys.
I ett uttalande som publicerades idag sade PJ att sökningarna äger rum efter en europeisk utredningsorder "utfärdad av de tyska myndigheterna och godkänd av samordnaren för åklagarmyndigheten i Faro-distriktet".
Åklagarmyndigheten i Braunschweig leder det pågående förfarandet och har begärt att husrannsakan ska genomföras i kommunen Lagos, som en del av "förundersökningen mot en tysk medborgare som misstänks för mordet på den brittiska medborgaren Madeleine Beth McCann", heter det vidare i uttalandet.
Madeleine McCann, som då var tre år gammal, försvann den 3 maj 2007 från den lägenhet där hon sov tillsammans med sina tvååriga tvillingbröder i Praia da Luz, medan hennes föräldrar åt middag med vänner några meter bort i badorten.
År 2020 pekade tysk polis ut Christian Brückner som huvudmisstänkt för kidnappningen och mordet på barnet, men inget åtal väcktes.
Relaterad artikel: