Er studierte Geisteswissenschaften bei den Jesuiten und Theologie bei den Dominikanern. Nach seiner Priesterweihe im Jahr 1676 war er mehrere Jahre lang in der Region Kanara in Südindien tätig.

Nach fast zehn Jahren in Kanara kehrte er nach Goa zurück und gründete dort 1686 zusammen mit einer Gruppe anderer Priester ein Oratorium des Heiligen Philipp Neri, wobei er Rat und Hilfe von den damals in Portugal ansässigen Oratorianerhäusern erhielt. Nur ein Jahr später, im Jahr 1687, fühlte er sich berufen, Goa zu verlassen und als Missionar auf die Insel Ceylon, das heutige Sri Lanka, zu gehen.

Er blieb vierundzwanzig Jahre lang auf dieser Insel und übte seinen priesterlichen Dienst unter sehr einschränkenden Umständen aus. Er wurde von den unterdrückerischen niederländisch-calvinistischen Behörden rigoros verfolgt und bedrängt, die seinen im Alleingang unternommenen, aber erfolgreichen Bemühungen, die Kirche wieder aufzubauen und den Katholizismus in Ceylon am Leben zu erhalten, ein Ende setzen wollten. Er musste überall verkleidet unterwegs sein und war gezwungen, die Sakramente heimlich in der Nacht zu spenden.

Pater Vaz beschloss, sich im Königreich Kandy im Landesinneren der Insel niederzulassen. Bei seiner Ankunft dort wurde er als Spion verhaftet und ins Gefängnis gesteckt. Er wurde freigelassen, nachdem er um Regen gebetet und diesen erwirkt hatte – ein von allen als Wunder angesehenes Ereignis, das eine lang anhaltende Dürre beendete. Danach gewährte ihm der buddhistische König von Kandy seinen persönlichen Schutz.

Im Jahr 1696 schlossen sich ihm mehrere Patres des Oratoriums aus Goa in Ceylon an, und dort wurde eine ordnungsgemäß gegründete Mission errichtet. Pater Vaz lehnte das Amt des Apostolischen Vikars ab und zog es vor, ein einfacher Missionspriester zu bleiben. Neben seiner sonstigen Seelsorgearbeit übersetzte er einen Katechismus und Gebete in die lokalen Sprachen Singhalesisch und Tamil. Die Menschen nannten ihn „Sammanasu Swam“ – den engelhaften Priester.

Anfang 1711 wusste er, dass er im Sterben lag. Am 16. Januar empfing er die Letzte Ölung, während sich Mitglieder seiner Herde um sein Bett versammelt hatten. Er sagte zu ihnen: „Lebt stets nach Gottes Eingebung.“ Er starb um Mitternacht. Er war sechzig Jahre alt.

Leider ist der genaue Verbleib seiner sterblichen Überreste ungewiss.

Er wurde am 21. Juni 1995 in Sri Lanka von Papst Johannes Paul II. seliggesprochen und dort am Mittwoch, dem 14. Januar 2015, von Papst Franziskus heiliggesprochen.

Sein Gedenktag wird am 16. Januar begangen.