Situados a sul da colina onde se ergue o famoso Convento do Cristo, o Convento e a Igreja de São Francisco constituem um testemunho da resiliência monástica. O percurso do complexo até à sua concretização foi marcado por um longo litígio judicial.

Embora os frades franciscanos tivessem recebido inicialmente autorização real para construir neste local em 1562, o mestre da poderosa Ordem de Cristo local opôs-se veementemente ao projeto, dando início a uma batalha judicial pela propriedade. Assim, só em 1624 é que a construção teve início. A ideia deste convento foi defendida durante mais de 42 anos!

A arquitetura da igreja, que constitui um exemplo clássico do chamado «Estilo Simples». Uma abordagem arquitetónica exclusivamente portuguesa, caracterizada por linhas geométricas e uma ausência notória de ornamentação exterior pesada. No interior, o retábulo merece especial atenção.

Retratando não só Jesus, mas também Dismas e Gestas, os dois ladrões ao seu lado, e até mesmo o exército romano que o pregou na cruz.

Na sequência da dissolução das ordens religiosas em 1834, o convento sofreu uma mudança radical para o secular, servindo durante gerações como quartel militar. No entanto, a igreja histórica resistiu com sucesso a estas turbulentas convulsões políticas, permanecendo em pleno funcionamento até aos dias de hoje.