Elle a passé une grande partie de sa jeunesse à la cour de son grand-oncle, le roi d'Angleterre Édouard le Confesseur. Sa famille a fui Guillaume le Conquérant et a fait naufrage sur la côte écossaise. Le roi Malcolm se lia d'amitié avec eux et fut séduit par la belle et gracieuse Margaret. Ils se marièrent au château de Dunfermline en 1070.

Malcolm avait bon cœur, mais il était rude et inculte, à l'image de son pays. Grâce à l'amour que Malcolm portait à Margaret, celle-ci put adoucir son caractère, polir ses manières et l'aider à devenir un roi vertueux. Il lui confiait toutes les affaires domestiques et la consultait souvent pour les affaires d'État.

Marguerite s'efforça d'améliorer son pays d'adoption en promouvant les arts et l'éducation. En ce qui concerne la réforme religieuse, elle encourage les synodes et assiste aux discussions qui tentent de mettre fin aux abus au sein du clergé et des laïcs. Avec son mari, elle a fondé plusieurs églises.

Margaret n'était pas seulement une reine, mais aussi une mère. Elle et Malcolm ont eu six fils et deux filles. Margaret supervisait personnellement leur instruction religieuse et leurs autres études.

Bien que très occupée par les affaires de la maison et du pays, elle restait détachée du monde. Sa vie privée était austère. Elle consacrait certains moments à la prière et à la lecture des Écritures. Elle mangeait avec parcimonie et dormait peu afin d'avoir du temps pour ses dévotions.

En 1093, le roi William Rufus attaque par surprise le château d'Alnwick. Le roi Malcolm et son fils aîné, Edward, sont tués. Margaret, déjà sur son lit de mort, mourut quatre jours après son mari.

Fête du 16 novembre.