Większość młodości spędziła na dworze swojego wuja, angielskiego króla Edwarda Wyznawcy. Jej rodzina uciekła przed Wilhelmem Zdobywcą i została rozbita u wybrzeży Szkocji. Król Malcolm zaprzyjaźnił się z nimi i był oczarowany piękną, łaskawą Małgorzatą. Pobrali się na zamku Dunfermline w 1070 roku.

Malcolm był dobroduszny, ale szorstki i niekulturalny, podobnie jak jego kraj. Ze względu na miłość Malcolma do Małgorzaty, była ona w stanie złagodzić jego temperament, wypolerować jego maniery i pomóc mu stać się cnotliwym królem. Pozostawił jej wszystkie sprawy domowe i często konsultował się z nią w sprawach państwowych.

Małgorzata starała się ulepszyć swój przybrany kraj, promując sztukę i edukację. W celu reformy religijnej zachęcała do synodów i była obecna na dyskusjach, które próbowały powstrzymać nadużycia w kapłaństwie i świeckich. Wraz z mężem założyła kilka kościołów.

Małgorzata była nie tylko królową, ale i matką. Ona i Malcolm mieli sześciu synów i dwie córki. Małgorzata osobiście nadzorowała ich nauczanie religii i inne studia.

Chociaż była bardzo zaangażowana w sprawy domu i kraju, pozostała oderwana od świata. Jej życie prywatne było surowe. Miała określone pory na modlitwę i czytanie Pisma Świętego. Jadła oszczędnie i mało spała, aby mieć czas na nabożeństwa.

W 1093 r. król Wilhelm Rufus dokonał niespodziewanego ataku na zamek Alnwick. Król Malcolm i jego najstarszy syn Edward zostali zabici. Małgorzata, już na łożu śmierci, zmarła cztery dni po swoim mężu.

Święto obchodzono 16 listopada.