Trascorse gran parte della sua giovinezza alla corte del prozio, il re inglese Edoardo il Confessore. La sua famiglia fuggì da Guglielmo il Conquistatore e naufragò al largo della Scozia. Re Malcolm fece amicizia con loro e rimase affascinato dalla bella e graziosa Margherita. Si sposarono nel castello di Dunfermline nel 1070.

Malcolm era di buon cuore, ma rozzo e incolto, come il suo Paese. Grazie all'amore di Malcolm per Margherita, quest'ultima fu in grado di ammorbidire il suo carattere, di migliorare le sue maniere e di aiutarlo a diventare un re virtuoso. Lasciò a lei tutti gli affari domestici e la consultò spesso nelle questioni di stato.

Margherita cercò di migliorare il suo Paese d'adozione promuovendo le arti e l'istruzione. Per quanto riguarda la riforma religiosa, incoraggiò i sinodi e fu presente alle discussioni che cercavano di fermare gli abusi all'interno del sacerdozio e dei laici. Con il marito fondò diverse chiese.

Margherita non fu solo una regina, ma anche una madre. Lei e Malcolm ebbero sei figli e due figlie. Margherita seguiva personalmente la loro istruzione religiosa e gli altri studi.

Pur essendo molto coinvolta negli affari di casa e di campagna, rimase distaccata dal mondo. La sua vita privata era austera. Aveva determinati tempi per la preghiera e la lettura delle Scritture. Mangiava con parsimonia e dormiva poco per avere il tempo di dedicarsi alle devozioni.

Nel 1093, il re Guglielmo Rufo attaccò a sorpresa il castello di Alnwick. Re Malcolm e il figlio maggiore, Edoardo, furono uccisi. Margherita, già sul letto di morte, morì quattro giorni dopo il marito.

Giorno di festa 16 novembre.