Hij werd gemarteld in Japan op 5 februari 1597, samen met vijfentwintig metgezellen, voor het prediken van het christendom in weerwil van de orders van Taiko Toyotomi Hideyoshi.

Aanvankelijk diende hij als missionaris in Mexico en later op de Filippijnen. In 1593 werd hij naar Japan gestuurd als commissaris voor zijn orde. Daar stichtte hij kerken en ziekenhuizen en bekeerde hij velen tot het christendom.

Door de groeiende religieuze onrust en politieke onrust - nog verergerd door de stranding van een Spaans schip in Japan, waardoor de verdenking ontstond dat missionarissen verovering voorbereidden - liet Hideyoshi hen echter arresteren. Peter Baptist en zijn metgezellen, waaronder drie Jezuïeten en vijftien leden van de Derde Orde, werden in het openbaar opgehangen, delen van hun oren werden verminkt en ze werden naar Nagasaki gebracht, waar ze werden gekruisigd.

Ze werden in 1862 heilig verklaard door Paus Pius IX en staan gezamenlijk bekend als de Martelaren van Japan.