Il a été martyrisé au Japon le 5 février 1597, avec vingt-cinq compagnons, pour avoir prêché le christianisme au mépris des ordres de Taiko Toyotomi Hideyoshi.

Il a d'abord été missionnaire au Mexique, puis aux Philippines. En 1593, il est envoyé au Japon en tant que commissaire de son ordre. Il y établit des églises et des hôpitaux et convertit de nombreuses personnes au christianisme.

Cependant, en raison de l'agitation religieuse croissante et des bouleversements politiques - exacerbés par l'échouage d'un navire espagnol au Japon, qui a conduit à soupçonner les missionnaires de préparer la conquête - Hideyoshi a ordonné leur arrestation. Pierre Baptiste et ses compagnons, dont trois jésuites et quinze membres du Tiers-Ordre, ont été publiquement exhibés, ont eu des parties de leurs oreilles mutilées et ont été emmenés à Nagasaki, où ils ont été crucifiés.

Ils ont été canonisés comme saints en 1862 par le pape Pie IX et sont collectivement connus sous le nom de "Martyrs du Japon".