Fu martirizzato in Giappone il 5 febbraio 1597, insieme a venticinque compagni, per aver predicato il cristianesimo sfidando gli ordini del taiko Toyotomi Hideyoshi.

Inizialmente prestò servizio come missionario in Messico e poi nelle Filippine. Nel 1593 fu inviato in Giappone come commissario del suo ordine. Lì fondò chiese e ospedali e convertì molti al cristianesimo.

Tuttavia, a causa dei crescenti disordini religiosi e degli sconvolgimenti politici - esacerbati dall'incaglio di una nave spagnola in Giappone, che portò al sospetto che i missionari si stessero preparando per la conquista - Hideyoshi ordinò il loro arresto. Pietro Battista e i suoi compagni, tra cui tre gesuiti e quindici membri del Terzo Ordine, vennero fatti sfilare pubblicamente, mutilati di parti delle orecchie e portati a Nagasaki, dove furono crocifissi.

Furono canonizzati come santi nel 1862 da Papa Pio IX e sono conosciuti collettivamente come i Martiri del Giappone.