Fue martirizado en Japón el 5 de febrero de 1597, junto a veinticinco compañeros, por predicar el cristianismo desafiando las órdenes del taiko Toyotomi Hideyoshi.

Inicialmente fue misionero en México y más tarde en Filipinas. En 1593, fue enviado a Japón como comisario de su orden. Allí estableció iglesias y hospitales y convirtió a muchos al cristianismo.

Sin embargo, debido a la creciente agitación religiosa y política -agravada por el encallamiento de un navío español en Japón, que hizo sospechar que los misioneros se preparaban para la conquista-, Hideyoshi ordenó su arresto. Pedro Bautista y sus compañeros, entre ellos tres jesuitas y quince miembros de la Tercera Orden, fueron exhibidos públicamente, les mutilaron parte de las orejas y los llevaron a Nagasaki, donde fueron crucificados.

Fueron canonizados como santos en 1862 por el Papa Pío IX y se les conoce colectivamente como los Mártires de Japón.