Został zamęczony w Japonii 5 lutego 1597 r. wraz z dwudziestoma pięcioma towarzyszami za głoszenie chrześcijaństwa wbrew rozkazom Taiko Toyotomi Hideyoshi.
.

Początkowo służył jako misjonarz w Meksyku, a później na Filipinach. W 1593 r. został wysłany do Japonii jako komisarz swojego zakonu. Tam założył kościoły i szpitale oraz nawrócił wielu na chrześcijaństwo.

Jednak z powodu rosnących niepokojów religijnych i wstrząsów politycznych - zaostrzonych przez utknięcie hiszpańskiego statku w Japonii, co doprowadziło do podejrzeń, że misjonarze przygotowują się do podboju - Hideyoshi nakazał ich aresztowanie. Piotr Chrzciciel i jego towarzysze, w tym trzech jezuitów i piętnastu członków Trzeciego Zakonu, zostali publicznie przeparadowani, okaleczono im części uszu i zabrano do Nagasaki, gdzie zostali ukrzyżowani.

Zostali oni kanonizowani jako święci w 1862 roku przez papieża Piusa IX i są wspólnie znani jako Męczennicy Japonii