Han led martyrdöden i Japan den 5 februari 1597, tillsammans med tjugofem följeslagare, för att ha predikat kristendom i strid mot Taiko Toyotomi Hideyoshis order.

Han tjänstgjorde först som missionär i Mexiko och senare på Filippinerna. År 1593 skickades han till Japan som kommissarie för sin orden. Där upprättade han kyrkor och sjukhus och omvände många till kristendomen.

Men på grund av växande religiös oro och politiska omvälvningar - som förvärrades av att ett spanskt fartyg strandade i Japan, vilket ledde till misstankar om att missionärerna förberedde sig för erövring - beordrade Hideyoshi att de skulle gripas. Petrus Döparen och hans följeslagare, däribland tre jesuiter och femton medlemmar av Tredje Orden, paraderades offentligt, fick delar av sina öron stympade och fördes till Nagasaki, där de korsfästes.

De kanoniserades som helgon 1862 av påven Pius IX och är kollektivt kända som Japans martyrer.