1488'de İspanya'nın Fuenllana kentinde doğan Thomas, çocukluğunu soyadını aldığı Villanueva de los Infantes'te geçirdi. Bir değirmenci olan ailesi, Thomas'ı genç yaşlardan itibaren derinden etkileyen hayırsever eylemleriyle tanınıyordu. Alcalá Üniversitesi'nde üstün bir eğitim aldı, burada mükemmelleşti, İlahiyat derecesi aldı ve popüler bir felsefe, sanat ve mantık profesörü oldu. Akademik başarısına rağmen, Salamanca Üniversitesi'nde prestijli bir profesörlüğü reddetti, bunun yerine 1516'da Salamanca'daki Augustinian rahiplerine katılmayı seçti, 1517'de yeminlerini kabul etti ve 1518'de rahip olarak atandı.

İlk Augustinian misyonerlerini 1533'te Yeni Dünya'ya, özellikle Meksika'ya göndermede etkili oldu ve Düzen içindeki hem çalışmaları hem de misyonları teşvik etti. 1544'te, başlangıçta Granada başpiskoposluğunu reddettikten sonra Thomas, Valencia Başpiskoposu olarak aday gösterildi. 1545'te isteksizce pozisyonu kabul etti.

Zenginlerden gelen fonların yoksulları destekleyeceği programlar kurdu ve kendi evini bir çorba mutfağına ve barınağa dönüştürdü ve her gün yüzlerce kişiyi besledi.

Thomas, anjina hastası olduktan sonra 8 Eylül 1555'te Valensiya'da 67 yaşında öldü. 1 Kasım 1658'de Papa VII. Alexander tarafından kanonlaştırıldı. Ayin bayramı günü 22 Eylül'de kutlanır. Villanovalı Aziz Thomas, onuruna adlandırılan diğer eğitim kurumları ve cemaatlerin yanı sıra Pennsylvania'daki Villanova Üniversitesi'nin koruyucu azizidir

.