L'église a été construite par les Chevaliers Hospitaliers lorsque l'ordre s'est installé à Santarém après la fondation du Royaume du Portugal, au 12ème siècle. D'autres ordres se sont installés dans le royaume après la Reconquista.

Les Chevaliers Hospitaliers ont construit l'église après la conquête de la ville par les Maures. Outre le fait que l'église a changé au fil du temps, on sait qu'il y avait une tour caractéristique dans l'édifice.

L'église a perdu de son importance au fil des ans, étant utilisée comme entrepôt pendant une certaine période. Néanmoins, le sens de la profondeur et du mystère n'a jamais quitté cette église, qui est maintenant disponible pour des visites, afin de permettre aux gens d'en savoir un peu plus sur ces ordres. L'église dispose également d'un musée, où les visiteurs peuvent découvrir son histoire plus en détail.

L'église est dédiée à saint Jean-Baptiste, ce qui montre l'importance des baptistes pour cet ordre.