تم بناء الكنيسة من قبل Knights Hospitaller عندما استقر النظام في سانتاريم بعد تأسيس مملكة البرتغال في القرن الثاني عشر. على الرغم من أن الأوامر الأخرى استقرت في المملكة بعد الاسترداد.

قام Knight Hospitaller ببناء الكنيسة بعد احتلال المدينة من قبل المغاربة. إلى جانب الكنيسة التي كانت تتغير على مر الزمن، فمن المعروف أن هناك برجًا مميزًا في المبنى.

فقدت الكنيسة أهميتها على مر السنين، حيث تم استخدامها كمستودع لفترة معينة. ومع ذلك، فإن الإحساس بالعمق والغموض لم يغادر هذه الكنيسة أبدًا، والتي أصبحت متاحة الآن للزيارات، للسماح للناس بمعرفة المزيد عن هذه الأوامر. تحتوي الكنيسة أيضًا على متحف، حيث يمكن للزوار التعرف على تاريخها بمزيد من التفاصيل.

تم تكريس الكنيسة للقديس يوحنا المعمدان، مما يبرز أهمية المعمدانيين لهذا النظام.