Церковь была построена рыцарями-госпитальерами, когда орден обосновался в Сантареме после основания Португальского королевства, в XII веке. Хотя после Реконкисты в королевстве обосновались и другие ордена.

Рыцари-госпитальеры построили церковь после того, как город был завоеван маврами. Кроме того, что церковь менялась с течением времени, известно, что в здании была башня.

С годами церковь утратила свое значение, некоторое время ее использовали в качестве склада. Тем не менее, ощущение глубины и таинственности никогда не покидало эту церковь, которая теперь доступна для посещения, чтобы люди могли узнать немного больше об этих орденах. В церкви также есть музей, где посетители могут более подробно ознакомиться с ее историей.

Церковь посвящена святому Иоанну Крестителю, что свидетельствует о важности баптистов для этого ордена.