Kilise, 12. yüzyılda Portekiz Krallığı'nın kuruluşundan sonra düzen Santarém'e yerleştiğinde Hospitaller Şövalyeleri tarafından inşa edildi. Diğer emirler, Reconquista'dan sonra Krallığa yerleşmesine rağmen.

Şövalye Hospitaller, şehir Mağriplara fethedildikten sonra kiliseyi inşa etti. Kilisenin zaman içinde değişmesinin yanı sıra, binada öne çıkan bir kule olduğu bilinmektedir.

Kilise yıllar içinde önemini yitirmiş, belli bir süre depo olarak kullanılmıştır. Bununla birlikte, derinlik ve gizem duygusu, insanların bu emirler hakkında biraz daha fazla bilgi sahibi olmasını sağlamak için şu anda ziyaret için uygun olan bu kiliseyi asla terk etmedi. Kilisede ayrıca ziyaretçilerin tarihi hakkında daha ayrıntılı bilgi edinebilecekleri bir müzesi vardır.

Kilise, Vaftizci Aziz Yahya'ya adanmıştır ve Baptistlerin bu düzen için önemini sergilemektedir.