La chiesa fu costruita dai Cavalieri Ospitalieri quando l'ordine si stabilì a Santarém dopo la fondazione del Regno del Portogallo, nel XII secolo. Anche se altri ordini si stabilirono nel Regno dopo la Reconquista.

I Cavalieri Ospitalieri costruirono la chiesa dopo la conquista della città da parte dei Mori. Oltre alle modifiche apportate alla chiesa nel corso del tempo, si sa che l'edificio era caratterizzato da una torre.

Nel corso degli anni la chiesa ha perso la sua importanza e per un certo periodo è stata utilizzata come magazzino. Tuttavia, il senso di profondità e di mistero non ha mai abbandonato questa chiesa, che ora è disponibile per le visite, per far conoscere un po' di più questi ordini. La chiesa dispone anche di un museo, dove i visitatori possono conoscere la sua storia in modo più dettagliato.

La chiesa è dedicata a San Giovanni Battista, a dimostrazione dell'importanza dei battisti per questo ordine.