Kościół został zbudowany przez Rycerzy Szpitalników, gdy zakon osiedlił się w Santarém po założeniu Królestwa Portugalii w XII wieku. Chociaż inne zakony osiedliły się w Królestwie po rekonkwiście.

Rycerze Szpitalnicy zbudowali kościół po tym, jak miasto zostało podbite przez Maurów. Oprócz tego, że kościół zmieniał się w czasie, wiadomo, że w budynku znajdowała się wieża.

Z biegiem lat kościół stracił na znaczeniu i przez pewien czas był wykorzystywany jako magazyn. Niemniej jednak poczucie głębi i tajemnicy nigdy nie opuściło tego kościoła, który jest teraz dostępny do zwiedzania, aby ludzie mogli dowiedzieć się nieco więcej o tych zakonach. W kościele znajduje się również muzeum, w którym odwiedzający mogą dowiedzieć się więcej o jego historii.

Kościół poświęcony jest świętemu Janowi Chrzcicielowi, ukazując znaczenie baptystów dla tego zakonu.