Die Kirche wurde von den Johannitern errichtet, als sich der Orden nach der Gründung des Königreichs Portugal im 12. Jahrhundert in Santarém niederließ. Nach der Reconquista ließen sich jedoch auch andere Orden im Königreich nieder.

Die Johanniter errichteten die Kirche, nachdem die Stadt von den Mauren erobert worden war. Abgesehen davon, dass sich die Kirche im Laufe der Zeit verändert hat, ist bekannt, dass das Gebäude einen besonderen Turm hatte.


Die Kirche hat im Laufe der Jahre ihre Bedeutung verloren und wurde eine Zeit lang als Lagerhaus genutzt. Dennoch hat die Kirche ihre Tiefe und ihr Geheimnis nie verloren und kann heute besichtigt werden, um den Menschen mehr über diese Orden zu vermitteln. Die Kirche beherbergt auch ein Museum, in dem die Besucher mehr über ihre Geschichte erfahren können.

Die Kirche ist dem Heiligen Johannes dem Täufer gewidmet, was die Bedeutung der Baptisten für diesen Orden verdeutlicht.