John Berchmans era o filho mais velho de um sapateiro chamado John Charles Berchmans e da sua mulher Elizabeth. Criado no seio de uma família católica devota, durante uma época de conflitos religiosos nos Países Baixos, mostrou desde cedo um desejo de vida religiosa. Aos treze anos, tornou-se criado do cónego João Froymont, em Mechelen (Malines), o que lhe permitiu prosseguir os estudos, apesar das dificuldades económicas da família.

Inspirado pelo exemplo de São Luís Gonzaga e dos mártires jesuítas ingleses, decidiu entrar para a Companhia de Jesus (Jesuítas), apesar da oposição da sua família. Entrou no noviciado jesuíta a 24 de setembro de 1616.

Depois de ter feito os primeiros votos em 1618, Berchmans foi enviado para Roma para estudar filosofia no Colégio Romano (atualmente a Pontifícia Universidade Gregoriana). Era conhecido pela sua diligência, alegria, humildade e devoção aos deveres diários - resumidos no seu lema: "Não é tanto fazer grandes coisas como fazer bem aquilo que nos mandam fazer".

Berchmans morreu jovem, com vinte e dois anos, a 13 de agosto de 1621, depois de adoecer com febre e disenteria em Roma.
Foi beatificado pelo Papa Pio IX em 1865 e canonizado pelo Papa Leão XIII em 15 de janeiro de 1888. O seu coração é conservado como relíquia em Lovaina, na Bélgica.

São João Berchmans é honrado em todo o mundo, com escolas e igrejas com o seu nome.