Giovanni Berchmans era il figlio maggiore di un calzolaio di nome John Charles Berchmans e di sua moglie Elizabeth. Cresciuto in una famiglia di devoti cattolici durante un periodo di conflitti religiosi nei Paesi Bassi, mostrò un precoce desiderio di vita religiosa. All'età di tredici anni divenne servitore presso il canonico John Froymont a Mechelen (Malines), il che gli permise di continuare gli studi nonostante le difficoltà economiche della famiglia.

Ispirato dall'esempio di Sant'Aloysius Gonzaga e dei martiri gesuiti inglesi, decise di entrare nella Compagnia di Gesù (gesuiti) nonostante l'opposizione della sua famiglia. Entrò nel noviziato dei gesuiti il 24 settembre 1616.

Dopo aver emesso i primi voti nel 1618, Berchmans fu inviato a Roma per studiare filosofia presso il Collegio Romano (oggi Pontificia Università Gregoriana). Era noto per la sua diligenza, l'allegria, l'umiltà e la devozione ai doveri quotidiani, riassunti nel suo motto: "Non tanto fare grandi cose, quanto fare bene ciò che si dice di fare".

Berchmans morì giovane, all'età di ventidue anni, il 13 agosto 1621, dopo essersi ammalato di febbre e dissenteria a Roma.
Fu beatificato da Pio IX nel 1865 e canonizzato da Leone XIII il 15 gennaio 1888. Il suo cuore è conservato come reliquia a Lovanio (Louvain), in Belgio.

San Giovanni Berchmans è onorato in tutto il mondo, con scuole e chiese che portano il suo nome.