Джон Берчманс был старшим сыном сапожника Джона Чарльза Берчманса и его жены Элизабет. Воспитанный в благочестивой католической семье во времена религиозных конфликтов в Низких странах, он рано проявил стремление к религиозной жизни. В возрасте тринадцати лет он стал слугой в доме каноника Джона Фроймонта в Мехелене (Малине), что позволило ему продолжить обучение, несмотря на финансовые трудности семьи.

Вдохновленный примером святого Алоизия Гонзага и английских иезуитских мучеников, он решил вступить в Общество Иисуса (иезуитов), несмотря на сопротивление своей семьи. Он поступил в иезуитский послушник 24 сентября 1616 года.

После принятия первых обетов в 1618 году Берхманс был отправлен в Рим для изучения философии в Римском колледже (ныне Папский Григорианский университет). Он был известен своим усердием, жизнерадостностью, смирением и преданностью повседневным обязанностям, что выражалось в его девизе: "Не столько делать великие дела, сколько хорошо делать то, что велено делать".

Берхманс умер молодым, в возрасте двадцати двух лет, 13 августа 1621 года, заболев лихорадкой и дизентерией в Риме.
Он был беатифицирован папой Пием IX в 1865 году и канонизирован папой Львом XIII 15 января 1888 года. Его сердце хранится как реликвия в Лёвене (Лувене), Бельгия.

Святой Иоанн Берхманс почитается во всем мире, в его честь названы школы и церкви.