Pappisvihkimyksen ja teologisten opintojen jälkeen Roomassa hän palasi kotimaahansa ja jatkoi erilaisia pastoraalisia ja akateemisia tehtäviä. Hänestä tuli ensimmäinen apulaispiispa ja vuonna 1964 Krakovan arkkipiispa, ja hän osallistui Vatikaanin toiseen kirkolliskokoukseen.

Lokakuun 16. päivänä 1978 hänet valittiin paaviksi ja hän otti nimekseen Johannes Paavali II. Hänen poikkeuksellinen apostolinen innokkuutensa erityisesti perheiden, nuorten ja sairaiden hyväksi johti hänet lukuisille pastoraalivierailuille eri puolille maailmaa.

Hän vieraili neljästi Portugalissa ja tapasi Fatiman viimeisen jäljellä olevan näkijän, sisar Lucian. Hän kuoli rauhallisesti Roomassa 2. huhtikuuta 2005.

Paavi Franciscus kanonisoi hänet 27. huhtikuuta, pääsiäisen toisena sunnuntaina 2014.