לאחר הסמכתו לכהונה וללימודי התיאולוגיה ברומא, חזר למולדתו וחזר למשימות פסטורליות ואקדמיות שונות. הוא הפך לבישוף העזר הראשון ובשנת 1964 לארכיבישוף קרקוב והשתתף במועצת הוותיקן השנייה

.

ב- 16 באוקטובר 1978 הוא נבחר לאפיפיור ולקח את השם יוחנן פאולוס השני. הקנאות האפוסטולית יוצאת הדופן שלו, במיוחד למשפחות, לצעירים ולחולים, הובילה אותו לביקורים פסטורליים רבים ברחבי העולם

.

הוא ביקר בפורטוגל בארבע הזדמנויות ונפגש עם בעלת החזון האחרונה שנותרה של פאטימה האחות לוסיה. הוא נפטר ברומא בשלווה ב -2 באפריל 2005.

הוא הוכרז על ידי האפיפיור פרנסיס ב -27 באפריל, יום ראשון השני של חג הפסחא 2014.