Varningen utfärdades av Rafael Schvartzman, Vice President för Europa på International Air Transport Association(IATA), som identifierade en "allvarlig risk" för omfattande driftstörningar och massiv förlust av anslutningsflyg för passagerare.

Orsaken till instabiliteten är införandet och den fullständiga implementeringen av EU:s nya Entry-Exit System (EES), vars automatiserade förfaranden nu omfattar alla tredjelandsmedborgare som vill resa in i Schengenområdet.

Sedan det digitala systemet aktiverades fullt ut har flygplatsinfrastrukturen på stora turistdestinationer - särskilt i Portugal, Spanien och Italien - upplevt betydande förseningar i passagerarhanteringen och ett växande antal klagomål om missade retur- eller anslutningsflyg.

Den nya tullhanteringsmodellen kräver obligatorisk insamling av biometriska data, inklusive fingeravtrycksskanning och ansiktsigenkänning, redan vid inresan till europeiskt territorium. Under IATA:s årsmöte i Rio de Janeiro, Brasilien, beskrev Rafael Schvartzman det förväntade trafikscenariot för högsommaren som alarmerande.

"Vad vi ser är en verklig risk för mycket utmanande väntetider, med förväntningar i storleksordningen tre, fyra, fem eller sex timmar, vilket är helt oacceptabelt", rapporterade chefen, citerad av den brittiska tidningen The Times.

Enligt IATA-representanten instrumentaliseras den kommersiella flygsektorn och "behandlas som en politisk fotboll" i stället för att prioritera praktiska logistiska reformer.

Tjänstemannen vädjade direkt till EU:s medlemsstater att förstärka bemanningen i polisens kontrollbås, säkerställa att elektroniska kiosker och digitala dörrar fungerar fullt ut och agera proaktivt genom att tillfälligt avbryta detaljerade biometriska EES-kontroller om köerna hotar terminalernas driftsstabilitet.

De mätvärden som branschorganisationen tillhandahåller avslöjar den tekniska roten till överbelastningen: innan EES trädde i kraft låg den genomsnittliga behandlings- och valideringstiden för en tredjelandspassagerare i kontrollstationerna på mellan 20 och 25 sekunder.

Med de nya kraven på insamling av biografiska och biometriska uppgifter har den normala handläggningstiden ökat till 90 sekunder per individ, vilket i kombination med fel eller långsamhet i datasystemen skapar en omedelbar flaskhalseffekt på flödena av fotgängare för avstigning och ombordstigning.

Inför denna situation har flygbolagen redan börjat se över sina protokoll för kundrekommendationer.

Lågprisflygbolaget Wizz Air utfärdade ett särskilt direktiv till passagerare i Storbritannien, där de uppmanades att anlända till europeiska flygplatser minst tre timmar före avgångstiden för sin planerade returresa.

Yvonne Moynihan, VD för Wizz Air UK, bekräftade att förseningar i passkontrollen till följd av EES redan har lett till missade flyg och resor för flera kunder, och hävdade att den utökade marginalen på tre timmar för närvarande är den enda försiktiga metoden för att garantera säker ombordstigning tills systemet är helt stabiliserat.