Alors qu'il était un jeune garçon, il a disparu de chez lui. On ne sait pas comment cela s'est produit. Sa mère mourut peu après sa disparition et son père rejoignit les Franciscains. Il se retrouve à Tolède, en Espagne, et est recueilli par Francisco Mayoral, qui le fait travailler comme berger. Lorsqu'il atteint l'âge de 20 ans, il découvre que Mayoral veut lui faire épouser sa fille et s'engage dans l'armée espagnole.

À un moment donné, il s'est retrouvé près du Portugal, où il a retrouvé un oncle qui lui a parlé de ses parents. Réalisant qu'il n'a aucun lien avec le Portugal, il retourne en Espagne.

Il erre dans divers pays et aurait eu une vision de l'Enfant Jésus qui l'aurait dirigé vers Grenade. Il y trouve un emploi dans une nouvelle imprimerie.

Il connaît une conversion religieuse lors de la fête de saint Sébastien. Il commence à s'humilier publiquement en se battant et en demandant grâce pour sa vie passée. Il est envoyé dans un asile psychiatrique et reçoit la visite de Jean d'Avila, qui lui dit qu'il doit s'occuper des autres.

Il a rassemblé des disciples qui s'occupaient des pauvres et des malades et qui sont aujourd'hui connus sous le nom de Frères Hospitaliers de Saint Jean de Dieu.

Il est mort d'une pneumonie le jour de son anniversaire, après avoir sauté dans une rivière pour sauver un jeune homme. Sa fête est célébrée le 8 mars et il est reconnu comme l'une des principales figures religieuses de la péninsule ibérique. Il est le saint patron des libraires, des hôpitaux, des infirmières, des malades mentaux et des mourants.