Quando era un ragazzo, scomparve da casa sua. Non si sa nulla di come ciò sia avvenuto. La madre morì poco dopo la sua scomparsa e il padre si unì ai francescani. Si ritrovò a Toledo, in Spagna, e fu accolto da Francisco Mayoral, che lo mise a lavorare come pastore. Una volta raggiunti i 20 anni, scoprì che Mayoral voleva che sposasse sua figlia e si arruolò nell'esercito spagnolo.

A un certo punto si trovò vicino al Portogallo, dove rintracciò uno zio che gli parlò dei suoi genitori. Rendendosi conto di non avere legami con il Portogallo, tornò in Spagna.

Vagò in vari Paesi e si dice che ebbe una visione di Gesù Bambino che lo indirizzò a Granada. Lì trovò lavoro in una nuova tipografia.

Nella festa di San Sebastiano sperimentò una conversione religiosa. Iniziò a umiliarsi pubblicamente picchiandosi e implorando pietà per la sua vita passata. Fu mandato in un istituto psichiatrico e lì ricevette la visita di Giovanni d'Avila, che gli disse di prendersi cura degli altri.

Raccolse un seguito di persone che si occupavano dei poveri e degli ammalati, che oggi sono riconosciute come i Fratelli Ospedalieri di San Giovanni di Dio.

Morì di polmonite il giorno del suo compleanno, dopo essersi gettato in un fiume per salvare un giovane. La sua festa si celebra l'8 marzo ed è riconosciuta come una delle principali figure religiose della penisola iberica. È il patrono dei librai, degli ospedali, delle infermiere, dei malati di mente e dei moribondi.